Nato nel 1806 a Livorno da una modesta famiglia di lontane origini ebraiche, conseguì assai giovane gli ordini minori entrando nello stato ecclesiastico; grazie al beneficio di canonico della cattedrale poté studiare teologia e diritto canonico e civile all’università di Pisa, dove si laureò brillantemente in entrambe le discipline tra 1825 e 1826. Dal 1827 fu titolare di una cattedra di diritto canonico: si dedicò tuttavia fin da subito a ricerche di tipo storico, specialmente sulle antichità medievali pisane, iniziando un instancabile lavoro di studio dei documenti d’archivio, non soltanto a Pisa ma anche nelle maggiori città italiane. Passato nel 1840 alla cattedra di storia del diritto italiano, dopo aver deposto l’abito ecclesiastico, strinse rapporti di intensa collaborazione con il gruppo dell’«Archivio Storico Italiano», destinando alla rivista del Vieusseux gran parte dei suoi lavori di ricerca. Nel 1848 fu volontario nel battaglione universitario toscano nella guerra con l’Austria. Durante la campagna fu tuttavia colpito dai primi violenti sintomi della grave malattia cerebrale ereditata dal padre, e dovette trascorrere quasi un anno nel manicomio di Perugia. Neppure la malattia rallentò la sua dedizione allo studio dei documenti e degli archivi, che si tradusse in una fase di forte attenzione per l’edizione di testi specialmente statutari. Trasferitosi a Firenze, si meritò la fiducia del granduca Leopoldo II, che nel 1852 gli affidò il gravoso incarico del riordino degli archivi dello Stato: grazie alla perizia e all’appassionato lavoro di Bonaini il nuovo Archivio Centrale, ordinato secondo un criterio archivistico di impostazione storico-istituzionale, aprì nel 1855 presso la prestigiosa sede degli Uffizi. Fondatore e direttore del «Giornale storico degli archivi toscani» dal 1857, fu unanimemente considerato il fondatore degli studi archivistici italiani, e in quanto tale ottenne rilevanti incarichi nel neonato Regno, come responsabile della prima ricognizione, nel 1860, degli archivi delle province ex-pontificie annesse (Emilia, Umbria e Marche). Negli anni ’60 la malattia che lo afflisse per tutta la vita si acuì gravemente, fino ad impedirgli di continuare la lettura e il lavoro. Morì in un sanatorio presso Pistoia nel 1874.
Nonostante gli interessi storici in senso proprio di Bonaini si siano concentrati sulla città di Pisa, e solo alcuni, per quanto rilevanti, lavori riguardino direttamente la storia di Firenze, gli studi sulla storia fiorentina dal medioevo alla modernità hanno nel fondatore dell’Archivio centrale un padre riconosciuto: l’ordinamento storico dell’immenso archivio degli Uffizi, ancor oggi alla base del metodo di ordinamento archivistico italiano; l’idea e la realizzazione della Scuola di paleografia, diplomatica e dottrina archivistica fondata a Firenze; il magistero esercitato su una intera generazione di eruditi e storici fiorentini (C. Guasti, D. Marzi, G. Milanesi, L. Polidori), testimoniano quanto Bonaini, che non ha lasciato scritti teorici o metodologici, debba considerarsi una delle figure più rilevanti per gli studi storici su Firenze nel XIX secolo.
Opere
I numerosi saggi particolari dedicati da Bonaini alla storia medievale sono raccolti nella bibliografia completa dello studioso pisano curata da G. Pampaloni in A. Panella, Francesco Bonaini, «Rassegna degli Archivi di Stato», XVII (1957), pp. 181-202;
Ordinamenti di Giustizia del comune e popolo di Firenze, «Archivio storico italiano», serie II (1855), tomo I, parte I, pp. 1-193;
Statuto della Parte Guelfa di Firenze, compilato nel 1335, «Giornale storico degli archivi toscani», I (1857), pp. 1-41.
Studi su Francesco Bonaini
L. Pagliai, Francesco Bonaini: la formazione e l’insegnamento nell’Università di Pisa, in L. Borgia, F. De Luca, P. Viti, R.M. Zaccaria (a cura di), Studi in onore di Arnaldo D’Addario, IV. Toscana e Italia, Lecce, Conte, 1995, pp. 1537-1555;
A. Panella, Francesco Bonaini e l’ordinamento degli Archivi italiani nei primi anni del Regno, in Id., Scritti Archivistici, Roma, 1955, pp. 193-213 («Pubblicazioni degli archivi di Stato» a cura di A. D’Addario) (orig. 1934);
G. Prunai, voce Bonaini, Francesco in Dizionario biografico degli italiani, XI, Roma, Istituto della Enciclopedia italiana, 1969, pp. 513-516.